Papillony zaliczają się do dość zdrowych ras. Jednak istnieje kilka problemów zdrowotnych, które trzeba mieć na uwadze.
Choroby, na które są dostępne badania genetyczne dedykowane dla rasy Papillon. Wszystkie te choroby dziedziczą się autosomalnie recesywnie, co oznacza że nawet pies będący nosicielem mutacji nie wykaże objawów klinicznych (nie zachoruje). Jest to informacja istotna dla hodowców, żeby nie skojarzyć dwóch psów nosicieli, co dopiero może spowodować urodzenie się szczeniąt obciążonych chorobą.
Dodatkowe choroby genetyczne, dla których testy NIE są specyficzne dla rasy Papillon. Są to testy ogólne dla wszystkich ras, co oznacza że uzyskane wyniki mogą być niemiarodajne. Nie ma pewności czy wyniki będą pokrywać się z testami konkretnie dla rasy Papillon (specyficzne badania nie są jeszcze dostępne). Jednak w myśl zasady lepiej dmuchać na zimne warto te choroby też mieć na uwadze.
Choroby bez dostępnych testów genetycznych. Często dziedziczone wielogenowo i/lub z dużym wpływem środowiska na rozwój psa. Dziedziczenia tych chorób nie da się przewidzieć i niestety nawet przebadani i zdrowi rodzice nie dają gwarancji zdrowych szczeniąt.